Möglicherweise stammt die Voggenbergmühle schon aus dem 13. Jahrhundert, denn 1251 wird in diesem Gebiet eine „Ysenmuln“ erwähnt.

Anfang des 16. Jahrhunderts jedenfalls gehörten die Mühle und der Weiler Voggenberg zum Kloster Adelberg.

1523 fordert Abt Leonhard zu Adelberg 200 Gulden von Gregorius Ruf und Jörg Ruchmayr, den Käufern des Voggenberghofs samt der „Routsägmühle daselbst“. Der Abt reklamierte diese beträchtliche Summe als Bezahlung ausstehender Lehns-Verbindlichkeiten gegenüber dem Kloster. Schließlich einigte man sich darauf, dass Ruf und Ruchmayr den Hof und die Mühle gegen Barzahlung der alten Schuld als Erblehen erhalten sollten.

1574 kaufte Ulrich Winter aus Mittelweiler die Voggenbergmühle, die kurz zuvor um eine Mahlmühle erweitert worden war. Die Wasser der Rot trieben nun ein Säg- und eine Mahlmühle an. Wie sein Vorgänger zahlte Winter Mühlzins an das Kloster Adelberg.

Nach der Schulmeisterbesoldungsordnung aus dem Jahr 1626 hatte der Voggenberg-Müller zu jener Zeit auch noch den Schulmeister mit Hafer und Brot zu versorgen und anlässlich von Kindstaufen, Hochzeiten und Sterbefällen einen Obolus in Form von Wein, Fleisch und Brot, Suppe und ein paar Kreuzer zu leisten.

Rund 100 Jahre später bedrohte das benachbarte Buchengehren den wirtschaftlichen Erfolg. Die vier Familien des Weilers wollten an der Rot eine neue Sägemühle bauen und taten dies auch im Jahr 1724. Bis hinauf zum Tübinger Hofgericht ging der Streit – doch erfolglos blieben die Voggenberger mit ihren Einsprüchen.

Der Voggenberg-Müller nutzt den uralten Mühlkanal auch heute noch – mit einer Ossberger Durchströmturbine aus dem Jahr 1944 – zur Stromerzeugung und zum Betrieb der modernen vollautomatischen Getreidemühle mit Pneumatikförderung. Das Wohngebäude wurde um 1850 erbaut, der Mühlenbau stammt aus dem Jahr 1948. Heute ist sie die einzige noch gewerblich arbeitende Mühle am Mühlenwanderweg.

Im Neubau ist der Mühlenladen untergebracht, dessen Angebot die Herzen von Hobbybäckern und –köchen höher schlagen lässt.